Dez anos após a conquista da liberdade, César e os demais macacos vivem em paz na floresta próxima a San Francisco. Lá eles desenvolveram uma comunidade própria, baseada no apoio mútuo, enquanto os humanos enfrentam uma das maiores epidemias de todos os tempos, causada por um vírus criado em laboratório. Sem energia elétrica, um grupo de sobreviventes planeja invadir a floresta e reativar a usina lá instalada. Malcolm, único que conhece bem os símios, tenta agir pacificamente e impedir que o confronto aconteça.