Após os acontecimentos do primeiro filme, as Tartarugas Ninja Michelangelo, Rafael, Donatello e Leonardo e sua amiga humana April O'Neil chamaram a atenção de vários vilões que estavam entocados na cidade. Velhos inimigos como o Destruidor se unirão à novos malvados que não estão satisfeitos com as ações dos justiceiros, como o cientista Dr. Baxter Stockman e o famigerado grupo de malvados conhecido como o Clã do Pé. Além disso, a turma ainda enfrentará uma ameaça alienígena chamada Krang, um ser da Dimensão X que deseja dominar a cidade de Nova York.