Quando Flynn invade a tela principal de seu ex-chefe para provar que foi trapaceado por outro executivo, acaba se envolvendo numa aventura ainda maior. Transformado por um poder, junta-se aos gladiadores computadorizados num jogo mortal e tem que enfrentar Tron, um programa especializado em segurança. Juntos, enfrentam a última batalha com o MPC para decidir o destidos dos mundos real e virtual.